Expédition Ares : Découverte ajoute quatre nouveaux mécanismes à la base d'Expédition Ares : les récompenses, les objectifs, les cartes de phase améliorées et les badges jokers.
Les récompenses sont des points de fin de partie qui sont attribués au joueur qui a le plus de choses. Trois récompenses sont tirées au sort en début de partie afin que les joueurs sachent ce qui les récompensera à la fin de la partie. Le joueur qui possède le plus grand nombre de ces objets gagne 5 PV, la deuxième place gagne 2 PV.
Les objectifs sont des PV qui sont attribués au cours du jeu. Ils sont accordés au joueur qui atteint le premier l'étape en question. Les jalons valent 3 PV à la fin de la partie.
Certaines nouvelles cartes de projet et de société permettent aux joueurs d'améliorer leurs cartes de phase. Chaque carte de phase a deux versions différentes que les joueurs peuvent choisir lorsqu'ils les améliorent. L'amélioration donne au joueur un meilleur bonus lorsqu'il choisit cette phase.
Certaines nouvelles cartes de projet ont une balise Joker. Chaque fois qu'un joueur révèle cette carte, soit de la pioche (à cause d'un effet), soit de sa main parce qu'il va la jouer, il choisit l'étiquette qu'il veut lui donner. Des jetons sont utilisés pour garder la trace de l'étiquette choisie pour le reste de la partie.
